ตำบลคลองโยงเป็นตำบลเก่าแก่  มีประวัติความเป็นมาที่ยาวนาน สมัยก่อนตำบลคลองโยง ประชาชนส่วนใหญ่สัญจรไปมาอาศัยแม่น้ำท่าจีนและคลองโดยอาศัยเรือเป็นพาหนะ พื้นที่ส่วนใหญ่ของตำบลคลองโยงติดกับคลองโยงเป็นระยะทางประมาณ 3 กิโลเมตร และคลองนี้มีประโยชน์ทั้งด้านคมนาคมและการเกษตร เดิมทีคลองโยงเป็นเพียงลำคลองเล็กๆกว้างประมาณ 5 เมตร เชื่อว่าเกิดจากลำธารที่กระบือเดินผ่านจนกลายเป็นลำน้ำ หน้าแล้งน้ำจะแห้งสามารถเดินผ่านได้ คลองโยงเชื่อมต่อกับแม่น้ำท่าจีนและแม่น้ำเจ้าพระยาที่ชาวบ้านใช้เป็นเส้นทางในการไปมาหาสู่กัน ท่านสุนทรภู่เคยใช้เส้นทางนี้เดินทางไปนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ มีบางตอนในนิราศพระประโทนสาเหตุที่ได้ชื่อว่าคลองโยงเนื่องมาจาก ชาวบ้านใช้ควายโยงกับเรือที่ติดแห้ง จนถึงประมาณ พ.ศ. 2490 ทางราชการได้เห็นความสำคัญจึงทำการขุดลอกคลองให้กว้างขึ้น ต่อมามีพ่อค้าได้ใช้เรือโยงติดต่อกันหลายๆลำ ในการขนส่งสินค้า ประชาชนจึงเรียกตำบลนี้ว่า “คลองโยง” สาเหตุที่ได้ชื่อว่าคลองโยงเนื่องมาจาก ชาวบ้านใช้ควายโยงกับเรือที่ติดแห้ง จนถึงประมาณ พ.ศ. 2490 ทางราชการได้เห็นความสำคัญจึงทำการขุดลอกคลองให้กว้างขึ้น ต่อมามีพ่อค้าได้ใช้เรือโยงติดต่อกันหลายๆลำ ในการขนส่งสินค้า ประชาชนจึงเรียกตำบลนี้ว่า “คลองโยง”                     
      “ คลองโยง ” มีสภาพภูมิประเทศเป็นที่ราบลุ่ม   มีลำคลองสายหลักไหลผ่านหลายสาย  พื้นดินมีความอุดมสมบูรณ์   ประชาชนมักตั้งบ้านเรือนอยู่อาศัยริมสองฝั่งคลองสายหลัก  การเดินทางไปมาหาสู่กันในอดีตต้องมักใช้เรือเป็นพาหนะ  ครั้นถึงฤดูแล้งน้ำในลำคลองต่างๆ จึงแห้งลง  การเดินทางทางน้ำจึงยากลำบากยิ่งขึ้นประชาชนตลอดจนพ่อค้าวานิชต่างๆ จึงได้รับความเดือดร้อนตามไปด้วย   เรือลำเล็กๆที่บรรทุกสิ่งของไม่มากจะผ่านลำคลองที่ตื้นเขินไปได้   แต่เรือลำใหญ่ๆ ที่บรรทุกสินค้ามากๆของพ่อค้าต่างๆมักจะผ่านไปไม่ได้  ต้องใช้ กระบือหรือควาย  ช่วยลากจูงเรือที่ไม่สามารถแล่นผ่านไปได้   ชาวบ้านและพ่อค้าวานิชต่างๆ จึงเรียกกันติดปากต่อๆมาว่า “คลองโยง” จนถึงบัดนี้